Dank der von seinem Mäzen José Formosinho organisierten archäologischen Ausgrabungen und ständigen Spenden entwickelte sich das 1930 von ihm gegründete Museum schnell zu einem multidisziplinären Museum mit wertvollen und einzigartigen Sammlungen. Seine Bestände umfassen Archäologie, sakrale Kunst, die Geschichte von Lagos, Ethnographie der Algarve, Malerei, Numismatik, Mineralogie und Ethnographie aus Übersee.
Dieses Museumszentrum besteht aus der Kirche Santo António, einem Gotteshaus, das der Bruderschaft Santo António dos Militares do Regimento da Infantaria de Lagos gehörte und dessen Innenraum ein wahres Juwel der barocken vergoldeten Holzschnitzerei in Portugal ist. Es ist in zwei Gebäude unterteilt: eines befindet sich zwischen der Kirche und der Mauer der Cerca Velha, in dem die Sammlungen nach 1460 und die Sondersammlungen ausgestellt werden, das andere befindet sich in der ehemaligen Polizeistation der PSP, in dem die archäologische Sammlung bis 1460 untergebracht ist.
Das Dr. José Formosinho Nucleus bietet eine Reise durch die Geschichte von Lagos und der Algarve, bei der eine Route mit einem thematischen Ansatz integriert wird, der sich auf Momente der Bejahung der städtischen und regionalen Identität bezieht. Es umfasst eine Vielzahl von Werken, die vom Gründer des Museums zusammengetragen wurden, darunter ein Kuriositätenkabinett mit einer wissenschaftlichen Sammlung seltener und einzigartiger, oft bizarrer Stücke, Werke von Künstlern, die am Regionalkongress der Algarve (1915) teilnahmen, Sammlungen von Palmwedel-, Metall-, Korbflecht-, Töpfer-, Zeichen-, Palmen-, Stickerei-, Spitzen- und sogar Konditoreiarbeiten sowie Kunsthandwerksprodukten, die auf die Regionalausstellung der Algarve (1940) anspielen, die im Rahmen der doppelten Hundertjahrfeier stattfand: Gründung von Portugal (1140) und Wiederherstellung der Unabhängigkeit (1640).
Ein weiteres Highlight dieser museologischen Einrichtung ist die Ausstellung eines Originalmodells eines imaginären Dorfes in kleinem Maßstab, das von Pedro Reis angefertigt wurde und ein echtes Zeugnis der kreativen, kritischen und inspirierenden Vision der Erfahrungen in der Algarve-Region darstellt.