Das Jura-Museum Eichstätt auf der Willibaldsburg hoch über dem Altmühltal ist eines der schönst gelegenen Naturkundemuseen in Deutschland. Betreut von den Staatlichen Naturkundlichen Sammlungen Bayerns beherbergt es die naturwissenschaftliche Sammlung des Priesterseminars Eichstätt. Der Schwerpunkt der Ausstellung wie der Forschungstätigkeiten des Museums liegt auf den Fossilien der weltberühmten Solnhofener Plattenkalke. Sie ermöglichen einen umfassenden Blick in Biodiversität und Ökologie der Region in der Jura-Zeit vor 150 Millionen Jahre, eine tropische Insel-, Riff- und Lagunenlandschaft. Zu den eindrucksvollsten Fossilien gehören das weltweit einzige Exemplar des Raubdinosauriers Juravenator und ein Original des berühmten Urvogels Archaeopteryx. In prächtigen Schauaquarien werden Korallenriffe und lebende Fossilien wie Pfeilschwanzkrebse, Knochenhechte und Nautilus gezeigt. So kann ein Vergleich der Tier- und Pflanzenwelt der Jura-Zeit zu unseren heutigen fragilen Ökosystemen gezogen werden.
Ebenfalls an bzw. in der Willibaldsburg befinden sich das Museum für Ur- und Frühgeschichte auf der Willibaldsburg sowie der botanische Garten Hortus eystettensis.