Das Fachwerkhaus St. Spiritus, das 1478 erstmals urkundlich erwähnt und 1500 nach Süden erweitert wurde, hatte über Jahrhunderte hinweg die Funktion eines Hospitals, in dem ehrbare Northeimer im Alter Unterkunft finden konnten. Heute befindet sich in dem bauhistorisch bedeutenden Gebäude das Heimatmuseum.
Die 2013 neu gestaltete Archäologische Abteilung gibt einen regionalen Überblick von den steinzeitlichen Jäger-Sammler Gruppen bis zur frühen Neuzeit.
Schwerpunkte der Dauerausstellung sind unter anderen die Grafen von Northeim und das Kloster St. Blasien, die Rats- und Verfassungsgeschichte der Stadt sowie das Handwerk und die Gilden. Münzen, Maße und Gewichte geben Einblicke in das Geld- und Messwesen. Zahlreiche Stadtansichten mit einigen seltenen Grafiken zeigen das Stadtbild im Wandel der Zeit.
Eine große Abteilung zur Eisenbahngeschichte stellt die Bedeutung Northeims als Verkehrsknotenpunkt dar. Die Ausstellungsabteilung: „Colonialwarenladen“ ist erlebte Wirtschaftsgeschichte.
Eine besondere Attraktion ist die Präsentation des Münzfundes von Northeim-Höckelheim: Ein Schatz von über 17.000 mittelalterlichen Silbermünzen und damit der größte erhaltene Münzfund Norddeutschlands. Dieser im Jahr 1991 gefundene Schatz ist seit Mai 2004 im eigens für ihn hergerichteten Gewölbekeller des Heimatmuseums zu sehen. Bereichert wird dieser Münzgeschichte durch die Münzsammlung der Kreis-Sparkasse Northeim mit 101 Northeimer Prägungen.