Das Deutsche Hafenmuseum wird als ein „Zwei-Standorte-Museum“ geplant. Ein Neubau soll im Stadtteil Grasbrook errichtet werden. Der zweite Standort wird der Schuppen 50A sein.
Das Deutsche Hafenmuseum Standort Schuppen 50A befindet sich mitten im ehemaligen Hamburger Freihafen auf dem letzten und denkmalgeschützten Gelände eines Kaizungenensembles, dessen Struktur vor mehr als 100 Jahren angelegt wurde und seinerzeit einen optimalen Umschlag zwischen Seeschiff und dem Landverkehr gewährleistete. Bis Ende der 60er Jahre ist hier über den Bremerkai der Südamerikaverkehr abgewickelt worden. Durch den Einsatz des Containers haben die heutigen Terminalanlagen eine ganz andere Struktur.
Das Deutsche Hafenmuseum Standort Schuppen 50A hat den Südteil des Schuppen 50A und die daran liegende Freifläche von der Stiftung Hamburg Maritim gemietet. Hier wird eine Vielzahl von Exponaten gezeigt. Die Sammlung umfasst Beispiele der materiellen Kultur der letzten 100 Jahre aus Güterumschlag, Schifffahrt, Schiffbau und Meerestechnik. Auf der Pontonanlage im Hansahafen sind die schwimmenden Objekte des Museums zugänglich. Die komplette Sammlung wird durch ehrenamtliche Fachleute vermittelt: Fachleute, die ihr Arbeitsleben im Hafen verbracht haben oder die heute im Hafen tätig sind. Sie werden unterstützt durch freie Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, die gerade die jungen Museumsbesucher an die spannende Geschichte des Hafens und die Veränderungen der Arbeit heranführen.