Das Bernauer Henkerhaus, einstmals Wohnhaus des Bernauer Henkers und seiner Familie, beherbergt seit 1976 eine Abteilung des Museums. Kernthemen der Ausstellung sind Rechtsprechung und Scharfrichterei in Mittelalter und Neuzeit sowie das Leben und Wohnen der Bernauer Bürger vom 17.-19. Jahrhundert. In der schwarzen Küche sowie im Obergeschoss des Hauses sind Zeugnisse der Alltagsgeschichte versammelt. Zwei weitere Räume informieren über den Bernauer Henker und seine Geschichte.