Die Nabatäer lebten lange Zeit in einem relativ großen Gebiet nomadisch und begegneten ihren Göttern in der Natur: in Quellen, bestimmten Felsen, Bergen, in Naturereignissen wie Regen, Donner und den Gestirnen. Ihre Religion war stark ortsbezogen. Unsere heutigen Kenntnisse sind daher allerdings bruchstückhaft.
Durch kulturelle Kontakte und die Entwicklung der Stadt Petra zu einem politischen und religiösen Zentrum der Nabatäer veränderte sich dies. Der Gott Duschara stieg von einem Ortsgott von Petra zum Hauptgott der Nabatäer auf. Dazu konnten weitere Gottheiten wie Allat oder al-Uzza verehrt werden. Al-Uzza, die Mächtige, scheint eine Schutzgöttin der Stadt Petra gewesen zu sein. Ein Pantheon mit Wechselbeziehungen zwischen den Göttern wie bei den Griechen oder Römern entstand allerdings nicht.
Verehrt wurden die Gottheiten nicht nur in Tempeln, sondern an vielen Plätzen in und um Petra, beispielsweise in Betylen. Betyle sind in den Fels gehauene Nischen mit Symbolen, die die göttliche Präsenz verdeutlichten. In Petra sind bis zu 1.500 dieser Betyle belegt, die aber mangels Inschriften nur selten einer bestimmten Gottheit zugeordnet werden können. Der Qasr Bint Firaun war der Haupttempel der Stadt, in dem vermutlich die wichtigsten Götter der Nabatäer, al-Uzza und Duschara, verehrt wurden. Die moderne Bezeichnung „Palast der Pharaonentochter“ ist irreführend.
Die ägyptische Göttin Isis besaß zwei kleine Heiligtümer etwas außerhalb der Stadt sowie in den Fels gehauene Kultnischen. Darüber hinaus bezeugen zahlreiche Figurinen der Isis und ihres Sohnes Harpokrates deren Verehrung. Die Darstellung der um ihren Bruder Osiris trauernden Isis spielt dabei eine außergewöhnlich große Rolle.
